Depuis 1993, le Département mène une politique en matière de protection, valorisation et entretien des cours d'eau.
Les interventions dans ce domaine peuvent être regroupées en deux axes principaux :

- Assistance technique et financière auprès des syndicats de rivière.
Cette action a débuté en 1993 par la création d'un poste de technicien rivière et a été renforcée cette année par la mise en place de nouvelles mesures incitatives, notamment pour l'animation des structures inter-communales de gestion, pour l'entretien des cours d'eau et pour les études globales d'aménagement.
Le technicien rivière participe au suivi des études et des travaux d'aménagement, ainsi qu'au fonctionnement des syndicats de rivière. Il donne un avis technique sur toutes les actions financées par le Conseil général.
Les structures concernées sont : le SIVL (vallée du Loup), le SISA (Siagne), le SIP (Paillons), le SIAQEBA (La Brague), le SIEVI (Cagne) et le SAGE Nappe et basse vallée du Var.
- Suivi hydrobiologique des cours d'eau
Le Département, afin de compléter ces actions sur le fonctionnement des stations d'épuration réalise des études hydrobiologiques sur les cours d'eau afin de mesurer l'impact des rejets relatifs à l'activité humaine sur les cours d'eau.
Ce suivi départemental de la qualité des rivières, conventionné avec l'Agence de l'Eau Rhône-Méditerranée-Corse et mené par deux techniciens hydrobiologistes depuis 1993, concerne chaque année un bassin versant différent.
Ces études ont pour objectifs principaux la connaissance précise des hydrosystèmes, la mise en évidence des principales sources de pollution et notamment l'impact des rejets des stations d'épuration et la mise à jour des cartes de qualité éditées par l'Agence de l'Eau et l'Etat ( DIREN).
Ces analyses utilisent les indicateurs suivants : débit, mesures physico-chimiques et bactériologiques, prélèvements de faune et de flore (IBGN pour les invertébrés benthiques, IBD et IPS pour les diatomées).